Il museo conserva attualmente circa 900 opere. Di queste, oltre 300 sono esposte nel percorso permanente. Si tratta di un patrimonio che è destinato a incrementarsi progressivamente, poiché ogni anno vengono effettuati nuovi depositi da parte delle chiese della diocesi.

Può succedere che alcune opere giungano in museo in occasione di lavori di restauro che possono interessare le chiese: in tal caso il deposito è limitato nel tempo e gli oggetti tornano in chiesa al termine del periodo concordato.

Più frequentemente le opere vengono depositate in modo permanente, perché ormai non hanno più una loro funzionalità ai fini del culto e della vita religiosa della parrocchia oppure perché corrono il pericolo di essere manomessi o lasciati in abbandono (vedi art. 14 Regolamento Museo Diocesano).

Quasi tutte le raccolte sono state catalogate; il museo sta predisponendo la catalogazione informatica dei propri beni tramite l'utilizzo del programma (CEI-OA) fornito dall'Ufficio Nazionale Beni Culturali Ecclesiastici della Conferenza Episcopale Italiana.